Offre de Postdoc / Ingénieur de Recherche : Index Distribué pour les Données Génomiques
Contract type : Fixed-term contract
Level of qualifications required : Graduate degree or equivalent
Fonction : Temporary scientific engineer
About the research centre or Inria department
Le centre Inria d'Université Côte d'Azur regroupe 42 équipes de recherche et 9 services d’appui. Le personnel du centre (500 personnes environ) est composé de scientifiques de différentes nationalités, d’ingénieurs, de techniciens et d’administratifs. Les équipes sont principalement implantées sur les campus universitaires de Sophia Antipolis et Nice ainsi que Montpellier, en lien étroit avec les laboratoires et les établissements de recherche et d'enseignement supérieur (Université Côte d’Azur, CNRS, INRAE, INSERM ...), mais aussi avec les acteurs économiques du territoire.
Présent dans les domaines des neurosciences et biologie computationnelles, la science des données et la modélisation, le génie logiciel et la certification, ainsi que la robotique collaborative, le Centre Inria d’Université Côte d’Azur est un acteur majeur en termes d'excellence scientifique par les résultats obtenus et les collaborations tant au niveau européen qu'international.
Context
Ce poste de deux ans est offert dans le cadre du projet OmicFinder, qui vise à créer un moteur de recherche pour indexer et interroger les séquences à travers de nombreuses bases de données génomiques. Les données génomiques permettent des avancées cruciales en médecine, écologie, agronomie et surveillance océanique. Une limitation majeure est l'incapacité à interroger toutes ces données de manière exhaustive. L'objectif du projet OmicFinder est de lever cette barrière et de permettre une exploitation complète et globale des séquences générées, permettant aux utilisateurs d'effectuer des requêtes sur les données de séquençage brut en temps réel pour optimiser l'utilisation des ressources disponibles en sciences de la vie.
La personne recrutée travaillera à Montpellier avec l'équipe Zenith d'Inria (Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique). Plusieurs équipes d'Inria participent au projet, apportant leur expertise en algorithmes, indexation, et plus encore. Des partenaires externes sont également impliqués dans le développement algorithmique et la validation des résultats.
Assignment
La mission de la personne recrutée est la conception et le développement d'un index distribué. Cela se basera sur un index centralisé existant, sur les approches de distribution développées au sein de l'équipe Zenith, ainsi que sur les nouveaux développements communs par les équipes impliquées dans le projet OmicFinder pour définir les principes d'un index distribué pour les données génomiques.
Main activities
Les principales activités sont les suivantes :
- Étudier l'état de l'art sur les index pour les données génomiques, y compris les approches développées par les partenaires du projet.
- Concevoir un index distribué pour de grands volumes de données génomiques.
- Développer l'index conçu en collaboration avec les partenaires du projet.
- Créer un système de requête exploitant l'index pour répondre efficacement aux requêtes.
- Participer à la rédaction d'articles scientifiques pour diffuser les résultats de la recherche.
Skills
- Expérience en bio-informatique appliquée aux données génomiques
- Connaissance des systèmes distribués et des algorithmes d'indexation
- Compétences en programmation
Benefits package
- Restauration subventionnée
- Transports publics remboursés partiellement
- Congés : 7 semaines de congés annuels + 10 jours de RTT (base temps plein) + possibilité d'autorisations d'absence exceptionnelle (ex : enfants malades, déménagement)
- Possibilité de télétravail et aménagement du temps de travail
- Équipements professionnels à disposition (visioconférence, prêts de matériels informatiques, etc.)
- Prestations sociales, culturelles et sportives (Association de gestion des œuvres sociales d'Inria)
- Accès à la formation professionnelle
- Participation mutuelle (sous conditions)
Remuneration
2788 € brut mensuel
General Information
- Theme/Domain :
Data and Knowledge Representation and Processing
Information system (BAP E) - Town/city : Montpellier
- Inria Center : Centre Inria d'Université Côte d'Azur
- Starting date : 2024-10-01
- Duration of contract : 2 years
- Deadline to apply : 2024-08-03
Warning : you must enter your e-mail address in order to save your application to Inria. Applications must be submitted online on the Inria website. Processing of applications sent from other channels is not guaranteed.
Instruction to apply
Defence Security :
This position is likely to be situated in a restricted area (ZRR), as defined in Decree No. 2011-1425 relating to the protection of national scientific and technical potential (PPST).Authorisation to enter an area is granted by the director of the unit, following a favourable Ministerial decision, as defined in the decree of 3 July 2012 relating to the PPST. An unfavourable Ministerial decision in respect of a position situated in a ZRR would result in the cancellation of the appointment.
Recruitment Policy :
As part of its diversity policy, all Inria positions are accessible to people with disabilities.
Contacts
- Inria Team : ZENITH
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Recruiter :
Akbarinia Reza / Reza.Akbarinia@inria.fr
The keys to success
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Se sentir à l'aise dans un environnement dynamique de recherche scientifique, aimer apprendre et écouter sont des qualités essentielles pour réussir cette mission.
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Passionné(e) par l'innovation, et aimer le développement.
About Inria
Inria is the French national research institute dedicated to digital science and technology. It employs 2,600 people. Its 200 agile project teams, generally run jointly with academic partners, include more than 3,500 scientists and engineers working to meet the challenges of digital technology, often at the interface with other disciplines. The Institute also employs numerous talents in over forty different professions. 900 research support staff contribute to the preparation and development of scientific and entrepreneurial projects that have a worldwide impact.